戦前のエストニアは，人口のほぼ９割がエストニア人で，ロシア人の割合は８％程度であった。1989年のソ連最後の国勢調査時におけるエストニアの人口の民族別内訳は，エストニア人61.5％，ロシア人30.3％，ウクライナ人（3.1％），白ロシア人（1.7％），その他2.3％。なお，俗に「ロシア人問題」と言われる場合は，ロシア人のほかにウクライナ人，白ロシア人等を含んでおり，「ロシア語系住民の問題」と呼ぶのが正しい。
半世紀のあいだに，エストニア人とロシア人の相対的比率が 11:1 から 2:1 に大きく変化したのは，(1) 1940年代から1950年代の初めにかけて，大量のエストニア人が，ソ連軍の侵攻やソ連併合を逃れて西側に亡命したり，シベリアに強制連行され，エストニア人の絶対数が減少した一方で，(2) ソ連政府の工業化政策がエストニアに労働力不足を生み，エストニアがソ連の中では生活水準のもっとも高い地域だったことから，ロシアから大量の移住者が流入した結果である（移住奨励政策の裏に，エストニアのロシア化を図る民族政策があったとする見方もある）。
「1991年８月のソ連による占領終結と同時に旧エストニア共和国が主権を回復した」という公式的立場をとるエストニア政府は，旧共和国時代の国籍法（1938年制定）をほぼそのままの形で再発効させ，エストニアがソ連の占領下に入る直前（1940年６月16日）における国民およびその子孫にエストニア国籍を自動的に与え，この条件を満たさない者をすべて外国籍（または無国籍）とした。1993年に制定された外国人法は，エストニア国籍をもたない居住者に対して，居住許可等の取得を義務づけた。これらの措置によって，ロシア語系の住民の大部分は，参政権をはじめとする国政への参加の機会を失ったほか，旧ソ連軍の退役軍人とその家族が居住許可等の対象から除外された。
ロシア政府は，退役軍人とその家族に居住許可等を与えることを，旧ソ連軍の完全撤退の条件として，エストニア政府に要求を続けたが，撤退期限を間際に控えた1994年７月，エストニア政府が譲歩する形で合意が成立した。