17世紀には，北エストニアの中心タリン (Tallinn，ドイツ語名 「レーファル (Reval)」) と，南エストニアの中心タルト (Tartu，ドイツ語名 「ドルパート (Dorpat)」 において，それぞれの地域方言にもとづいた別々の文語 (北エストニア文語，南エストニア文語) を用いる伝統が確立する。1631年には，エストニア最初の印刷所がタルトで開業，翌年，タルトに大学が開校される。1635年には，エストニア２番目の印刷所がタリンで開業された。

17世紀初頭のテキストとしては，19世紀の終わりに手稿が発見されたミュッレル (Georg Müller) の説教集 (39編, 1600 ~ 1606) が有名である。

sina Jumal Nicolae, Kuy sina mind sestnatze Laiwa, Hüide, ninck keik nedsamat, ke minu ks Laiwa sid: omat, hästi ninck terwe ülleawitat, Ny pea kudt mina Maa päle tulle, sysz taha mina sinu auwux üx sesarn suhr Mechewaa Küynla lascke teha, kudt sesinane Mastpuh on (Georg Müller)

エストニア語の文法記述が現われるのもこの時期で，北エストニア語では，最初のエストニア語文法として有名なシュタール (Heinrich Stahl，c.1600 ~ 1657) の文法 (Anführung zu der Esthnischen Sprach, 1637) が，南エストニア語では，グーツラフ (Johann Gutslaff, ? ~ 1657) の文法 (Observationes Grammaticae circa linguam Esthonicam, 1648) がよく知られている。また，ヴィルギニウス (Adrian Virginius, 1663 ~ 1706) は，新約聖書を南エストニア語に翻訳した (Meije Issanda JEsusse Kristusse Wastne Testament, 1686)。

Panket sedda tehhalle / teije üllembisset / ninck wallitzejat / erra piddaket ni alpax se Kurrati wehje / erra motleket / se nöidus on üx pettus / unne / ninck tühine assi? Woip hend se Kurrat pöhrma öhex Englix sest walgkust / woip temma kaickast Maddut tegkema woip temma wessi werrex tegkema / woip temma konnat tegkema / ninda kudt temma Egypti mah siddes / Kunninga Pharaoni eddes / lebbi needt nöidat nende lausmisse kahs / tehnut on: Sihs woip temma kahs ommat wandtut truwit orjat Hunti / Karro / tuhlispascka /ninck monne muh negko siddes sahtma / ko pohle temma / ninck nemmat tachtwat ... (H. Stahl: «Leyen Spiegel» III, 1641, lk.293-294.)

17世紀の末になると，ドイツ語風の表記法によってエストニア語を表記するシュタール以来の伝統を，c, f, q, w, x, y, z と長母音を表す h の使用をやめることによって改良した，いわゆる 「旧表記」 (vana kirjaviis) と呼ばれるエストニア語表記法 (temma, minna, kele, ramat — cf. 現在の正書法 tema, mina, keele, raamat) が成立する。旧表記は，1680 年代の聖書翻訳会議において，フォルセーリウス (Bengt Gottfried Forselius, c. 1660 ~ 1688) によって提唱されたもので，その実際的な普及には，1693 年にリガで出されたホルヌンク (Johann Hornung, c. 1660 ~ 1715) の文法書 (Grammatica Esthonica) が大きな役割を果たした。