それまでエストニア社会において幅をきかせていたドイツ語 （およびロシア語） に代って，エストニア語を洗練して，高等教育を含めた社会のあらゆる領域で機能する言語に昇格させようとする言語改革運動は，すでに今世紀の始めころから本格的に進行ししつつあった。1910 年代における言語改革運動の関心の中心は，名詞や動詞の活用形の標準化による正書法の確立と，文化語彙・専門用語のエストニア語化にあった。運動の推進者であったアーヴィック (Johannes Aavik, 1880 ~ 1973) とヴェスキ (Johannes Voldemar Veski, 1873 ~ 1968) は，言語改革の原理として対照的な理念を提唱した。アーヴィックが，現実の言語体系に外から積極的に改変の手を加えることを主張した （keeleuuendus「言語改造」） のに対し，ヴェスキは，現実の言語体系がもっている要素を最大限に利用することを主張した （keelekorraldus「言語整備」） からである。
ヴェスキの 「言語整備」 の考え方は，1920 年に創立された 「母語協会」 (Emakeele Selts) の発行する雑誌『エストニア語』 (Eesti Keel, 1922 ~ 40) を通じて広められ，『エストニア語正用法辞典』 (Eesti õigekeelsuse sõnaraamat, 1925 ~ 37) の出版によって優位に立ったが，アーヴィックの 「言語改造」 の立場からの提案の中にも，例えば，名詞の i-複数形，単数入格の短形，新造語の relv 「武器」，veenma 「説得する」 などのように，標準語に定着したものが数多くあり，四半世紀ほどの間にエストニア語の標準語は，大きく変わった。
言語改革と並行して方言の体系的な調査も進み，独立時代末期には，サーレステ (Andrus Saareste, 1892 ~ 1964) によって方言地図が出版されている。方言語彙の調査・収集は，標準語の語彙を豊かにする際に大きな役割をはたした。
「エストニア語学会」に相当する「母語協会」(Emakeele Selts) は，1946年，「エストニア科学アカデミー母語協会」として活動を再開し，1955年以後，毎年「母語協会年報」(Emakeele Seltsi Aastaraamat) という名前で，研究報告書を出している。
1947年にタルトに設立された「エストニア科学アカデミー・言語文学研究所」(Keele ja Kirjaduse Instituut; KKI) は 1952 年にタリンに移転，以後，タルト大学エストニア学科との間で，エストニア語研究における役割を分担するようになる。
1958年には，月刊誌「言語と文学」(Keel ja Kirjandus) が，エストニア科学アカデミーとエストニア作家同盟の機関誌として創刊された。
エストニア語の標準語の 「言語整備」 は，ソ連併合 (1940) 以後も穏やかな形で続けられた。その様子は，正用法辞典 (ÕS) の 1960 年版 (Õigekeelsuse sõnaraamat) と 1976 年版 (Õigekeelsussõnaraamat) の書名の綴り方の違いが，象徴的に語っている。
1980 年代には，１巻本の方言辞典 (Väike murdesõnastik, 1982) が刊行されたほか，国語辞典 (Eesti kirjakeele seletussõnaraamat, 1988 ~) の刊行が分冊で始まった。
1940年代にスウェーデンなどに亡命した言語学者たちは，戦後，方言地図，辞書，文法書の形で，注目すべき研究成果を世に送り出している。
ソ連時代には，ロシア語の侵食からエストニア語を守ることが言語学者たちの最大の関心事だったから，言語規範をできるかぎり変えないという保守的な立場が一貫して主流を占め，新聞・雑誌・書籍などの印刷物がエストニア語の規範を守っているかどうかに厳しい監視の目が向けられていた。1980年代後半以降，出版や放送の国家による独占がなくなり，出版活動に対する制限が緩和されるとともに，一般の人々の言語規範に対する態度も変わり，新聞・雑誌のエストニア語には従来の規範を破る語法や語彙が目立つようになった。
タリンのエストニア語研究所 (Eesti Keele Instituut, EKI; 1993 年まで Keele ja Kirjanduse Instituut「言語文学研究所」) の文法部門のプロジェクトとして編集が続けられていたエストニア標準語の標準文法 (Eesti keele grammatika; 全２巻) は，1993 年にシンタクスを扱った第２巻 (Eesti keele grammatika II. Süntaks.) が，1995 年に形態論・語形成を扱った第１巻 (Eesti keele grammatika I. Morfoloogia. Sõnamoodustus.) が刊行された。
1988年に始まった国語辞典 (Eesti kirjakeele seletussõnaraamat) は，分冊による刊行が引き続き行われている (2006年７月末現在，第７巻第１分冊・見出し語 vunk まで)。1994年から，本格的な方言辞典 (Eesti murrete õnaraamat) の刊行が始まった (2006年７月末現在，第４巻第２分冊・見出し語 kähür まで)。正用法辞典の伝統は，1999年版 (Eesti keele sõnaraamat ÕS 1999) が最後になるはずであったが，その改訂版が2001年に出た (Eesti keele sõnaraamat ÕS) ほか，新版が2006年中に出るようである。
エストニア語の文法規範の解説書としては，「エストニア語ハンドブック」(Eesti keele käsiraamat, 1997, 2000²) が出ている。
コンピュータによるエストニア語研究の成果としては，『エストニア語形態小辞典』 (Ülle Viks 1992. Väike vormisõnastik) があり，この本で用いられた形態分析・形態記述のシステムに基づいて，エストニア語の形態分析・合成プログラムや，その応用としてのスペルチェッカーが実用化されて使われている。タルト大学には，1980年代のエストニア語の様々なジャンルの書きことばのテキストを集めた100万語のコーパスがあり，「基本コーパス」と呼ばれている。このほか，1890年代，1930年代，1950年代，1960年代, 1970年代, 1990年代の文学作品と新聞記事のコーパスも利用可能になるなど，利用できるコーパスの量は年々増加している。