現在エストニア語が話されている地域は，エストニア共和国の領土とほぼ一致し，ここ数百年ほとんど変わっていない。

標準的な方言区分では，現在のエストニア共和国に属する地域を，８つの方言区域に分け，それを３つの方言群にまとめている。 [ 方言区分地図 ] リンク：[ エストニア語の方言の音声資料 ]

なお，旧共和国時代にエストニア領であった旧ペッツェリ県（Petserimaa；現在ロシア領）に居住していたセット人（setud, setukesed）の言語（setu keel「セット語」）をエストニア語のセット方言（setu murre）として南エストニア諸方言の１つに加えることもある。セット語は，はっきりと南エストニア語系の特徴を保持しているが，ロシア語の影響を強く受けているなど，他のエストニア方言と比べて独自の特徴をもっている。セット人は，ロシア正教徒として長い間ロシア人地域に居住してきた結果，プロテスタント（ルーテル派）のエストニア人とは，風俗習慣を著しく異にする民族集団を形成しており，1930 年代には 15,000 人程度の人口があったが，ソビエト時代になって分散して，民族集団としてのまとまりを失った。

今日のエストニア語標準語（ühiskeel）は，北エストニア語に属する中央方言を基礎として成立したものであるが，南エストニア語（18 世紀まで，タルト方言に基づく独自の文語を発達させていた）の要素もかなり取り入れられている。

北エストニア語と南エストニア語との間には，たとえば，次のような違いが観察される。

1. 南エストニア語には，北エストニア語（および標準語）にはない母音調和が観察される。
2. 南エストニア語の i, ü で終る二重母音は，北エストニア語（および標準語）では e, i で終る。
3. 南エストニア語の長母音 ää, õõ には，北エストニア語の二重母音 ea, õe が対応する（標準語は ea, õõ）。
4. 動詞の過去形は，北エストニア語（および標準語）では「基本語幹＋ si ＋人称語尾」，南エストニア語では「基本語幹＋ i ＋人称語尾」である。
5. 南エストニア語には，北エストニア語（および標準語）では見られない否定動詞の過去形がある。
6. 南エストニア語と北エストニア語の間には，基本的な語彙にも違いがある。

東北海岸方言は，従来，北エストニア語のグループに含められるのが通例であったが，最近は，北エストニア語とは独立した方言と考える立場が有力である。この方言と北エストニア語の中央方言との間には，次のような違いが観察される。

1. 中央方言（および標準語）では，母音と子音に３段階の長さの対立（短音・長音・超長音）が見られるが，東北海岸方言には，長音と超長音の対立がなく，短音と長音の２段階の対立になっている。
2. 東北海岸方言では，中央方言（および標準語）で消失している語中や語末の母音が保たれている。
3. 東北海岸方言(および標準語)には，中央方言にはない名詞の様格形がある。
4. 東北海岸方言では，中央方言（および標準語）と異なり，否定動詞が人称変化する。

東北海岸方言とフィンランド語（とくに南西方言）がよく似ていることがしばしば指摘される。なお，フィンランド語でエストニア（およびエストニア語）をさす「ヴィロ」 (viro) は，エストニアの東北海岸地方の名 Virumaa（Viru＋maa「国，地方」）に由来しており，この地域からフィンランド南西部への移住が行われたとする説もある。